１９７３年（昭和４８）３月の水俣病裁判で患者勝利の判決があり、その後の自主交渉をもとに、同年７月患者とチッソとの間に補償協定が結ばれました。この協定によって、認定患者に対しチッソから慰謝料として１６００〜１８００万円の一時金が支払われています。そのほかに年金・医療費・医療手当・介護費・葬祭料・温泉治療費・はり灸治療費などが支払われています。また、チッソが積み立てた基金の利子で、おむつ手当・介添え手当・香典・マッサージ治療・通院のための交通費などが支払われています。
熊本・鹿児島両県は水俣病総合対策医療事業により、認定申請中でない人で四肢末梢優位の感覚障害がある、魚介類の多食が認められるなどの要件に該当する人に、医療費の自己負担分と療養手当(月額１７，２００〜２３，５００円：２０００年１１月現在)を支払っています。
１９９５年（平成７）の政府解決策により、医療事業の対象者及びそれと同等と見なされた死亡者は、今後補償を巡る紛争を起こさないことを条件に、１９９６年（平成８）チッソと協定を結び、一時金２６０万円を受け取りました。